A AMPA está organizada em Núcleos Regionais, presididos por associados eleitos a cada dois anos, juntamente com a diretoria. Eles atuam como elo entre os produtores da respectiva região e a diretoria da AMPA, facilitando o intercâmbio de informações e a defesa dos interesses regionais, visando o bem coletivo.

São seis Núcleos Regionais: Centro (sediado em Campo Verde), Centro Leste (sede em Primavera do Leste), Norte (Sorriso), Médio Norte (Campo Novo do Parecis), Noroeste (Sapezal) e Sul (Rondonópolis). Confira no mapa a localização dos Núcleos Regionais da AMPA.